Le bail commercial est souvent le document le plus sous-lu d'un dossier de reprise — alors qu'il conditionne la valeur réelle de l'affaire autant que son chiffre d'affaires.
Un bail commercial classique a une durée minimale de 9 ans, avec une faculté pour le locataire de donner congé à chaque échéance triennale (d'où le nom « 3-6-9 »). Vérifier où en est le bail dans ce cycle est la première chose à faire : un bail qui arrive en fin de période peut être résilié par le bailleur au renouvellement, sous réserve du droit du locataire au renouvellement ou à une indemnité.
Le locataire en place a en principe droit au renouvellement de son bail. Si le bailleur refuse, il doit en principe une indemnité d'éviction destinée à compenser le préjudice — ce droit a de la valeur et doit être vérifié dans les clauses du bail repris.
À chaque renouvellement, le loyer est en principe plafonné à l'évolution d'un indice. Mais dans certains cas (changement notable des facteurs locaux de commercialité, durée du bail supérieure à 9 ans, etc.) le loyer peut être déplafonné et réajusté à la valeur locative de marché — parfois bien au-dessus du loyer actuel. Un loyer actuel sous le marché est un signal à vérifier, pas seulement un avantage acquis.
La durée restante et la solidité du bail sont l'un des facteurs qui font varier le prix autour de la médiane observée — voir Comment évaluer un fonds de commerce.